Instalação - Remoto

Nesta página, são apresentadas informações específicas para o uso do readDiag nas máquina virtuais (e.g., Itapemirim e Ilópolis) e Egeon do CPTEC. Caso você deseja instalar o readDiag em uma máquina local, utilize as instruções da página Instalação Local.

Itapemirim/Ilopolis

A máquina Ilopolis possui um servidor do Jupyter que pode ser utilizado para a execução do readDiag. Este servidor está acessível pelo endereço http://ilopolis.cptec.inpe.br/. Siga as instruções a seguir para criar um kernel do readDiag para ser utilizado dentro deste servidor do Jupyter.

Instalação do Ambiente readDiag

Atenção

Nesta seção, considera-se que o usuário irá criar o ambiente readDiag e irá instalar o pacote dentro do ambiente de forma que possa fazer modificações no código.

1. Baixe o código do readDiag (no seu $HOME):

   gh repo clone GAD-DIMNT-CPTEC/readDiag
   

   ou

   git clone https://github.com/GAD-DIMNT-CPTEC/readDiag.git
   

2. Dentro do diretório do readDiag, crie o ambiente, ative-o e instale o readDiag:

   cd readDiag
   conda env create -f environment.yml
   conda activate readDiag
   pip install -e .
   

   ou,

   cd readDiag
   python -m venv readDiag-env
   source readDiag-env/bin/activate
   pip install -r requirements.txt
   pip install -e .
   

   Nota

   Com a criação do ambiente, o pacote readDiag será instalado automaticamente, mas ao executar o comando pip install -e ., a versão de lançamento do PyPi será desinstalada e a versão do repositório será instalada em modo de edição ou desenvolvimento. Dessa forma, modificações podem ser feitas no pacote sem a necessidade de refazer a instalação.

3. Instale o kernel do ambiente readDiag dentro do Jupyter:

   python -m ipykernel install --user --name readDiag --display-name "readDiag"
   

4. Acesse o host http://ilopolis.cptec.inpe.br/ e navegue até o diretório $HOME/readDiag/notebooks e clique no arquivo readDiag_tutorial_completo-pt_br.ipynb;

5. Na interface do Jupyter, altere o kernel para readDiag. Essa etapa é necessária para que seja possível executar o código.

Reutilização do Ambiente readDiag

Atenção

Nesta seção, considera-se que o usuário irá reutilizar o ambiente readDiag com o pacote já instalado previamente. Neste caso, não é necessário criar um ambiente e nem instalar o readDiag.

1. Baixe o código do readDiag (no seu $HOME) - para ter acesso aos notebooks de exemplos de uso do readDiag:

   gh repo clone GAD-DIMNT-CPTEC/readDiag
   

   ou

   git clone https://github.com/GAD-DIMNT-CPTEC/readDiag.git 
   

2. Ative o ambiente readDiag:

   source /share/das/miniconda3/envs/readDiag/bin/activate
   

3. Instale o kernel do ambiente readDiag dentro do Jupyter:

   python -m ipykernel install --user --name readDiag --display-name "readDiag"
   

4. Acesse o host http://ilopolis.cptec.inpe.br/ e navegue até o diretório $HOME/readDiag/notebooks e clique no arquivo readDiag_tutorial_completo-pt_br.ipynb;

5. Na interface do Jupyter, altere o kernel para readDiag. Essa etapa é necessária para que seja possível executar o código.

Egeon

Para utilizar o readDiag na Egeon, siga as instruções a seguir:

1. Realize as etapas 1 e 2 descritas na seção Instalação do Ambiente readDiag;

2. Ative o ambiente readDiag:

   source /home/carlos.bastarz/.conda/envs/readDiag/bin/activate
   

3. Execute o comando a seguir - anote a porta em que o jupyter está sendo executado, e.g., jupyter:8889:

   jupyter-notebook --ip='*' --NotebookApp.token='' --NotebookApp.password='' --no-browser
   

4. No seu computador, execute o comando a seguir para abrir o Jupyter localmente - onde localhost:XXXX deve ser uma porta no seu computador, e.g., localhost:8820:

   ssh -N -f -L  localhost:XXXX:localhost:8889 <username>@egeon.cptec.inpe.br
   

5. No seu computador, abra o navegador e acesse o endereço localhost:8820.

Atenção

Caso seja necessário encerrar o Jupyter ou reiniciar o processo, execute os seguintes comandos - identifique o processo correspondente ao comando ssh executado e encerre-o:

ps -ef | grep ssh
kill -9 PID