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sigioBAM

A seguir serão apresentados os passos para obtenção, instalação e uso do sigioBAM, um pré-requisito para o uso do pyBAM.

Obtenção e Instalação

O pyBAM depende da biblioteca sigioBAM, que deve ser instalada no ambiente para que o Python possa acessá-la.

Instação da biblioteca sigioBAM

Para obter e instalar o sigioBAM, siga os passos a seguir:

Obtenção

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svn export https://svn.cptec.inpe.br/slib/tag/libsigiobam-1.1

Compilação

Atenção

Certifique-se de utilizar a versão 11.4.0 do compilador GNU.

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cd libsigiobam-1.1
./autogen.sh 
./configure --prefix=/opt/sigioBAM 
make 
make install

Obs.: Caso não seja root do sistema, instale a biblioteca na pasta pessoal e prossiga para o próximo passo.

Configuração

É necessário incluir o caminho de instalação do sigioBAM no path do sistema para que o Python possa acessar a biblioteca. Então é necessário criar uma váriável de ambiente e exportá-la. Se você tiver acesso root, edite o arquivo /etc/bash.bashrc, caso contrário edite o arquivo $HOME/.bashrc.

Em qualquer um dos arquivos /etc/bash.bashrc ou $HOME/.bashrc, inclua as seguintes linhas:

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export SIGIOBAM=/opt/sigioBAM
export LD_LIBRARY_PATH=/${SIGIOBAM}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

Obs.: é importante a criação da variável SIGIOBAM pois a biblioteca pyBAM irá procurar por esta variável durante a instalação do pacote.